Как сообщает пресс-служба МФТИ, положенный в основу новой методики биоинформатический алгоритм OncoFinder позволяет сопоставлять данные экспрессии всех генов клетки в отличие от традиционных молекулярных маркеров, основанных на продуктах экспрессии отдельных генов на РНК и белковом уровнях. Данные об этом исследовании опубликованы в журнале OncoTarget.
Сегодня для диагностики онкологических заболеваний чаще всего используются биохимические маркеры, чувствительные к отдельным видам рака. Однако для многих опухолей они еще не найдены и, даже уже используемые в клинической практике онкомаркеры, не всегда достаточно чувствительны и специфичны. Ранее уже было доказано, что одни внутриклеточные сигнальные пути активно участвуют в онкогенезе, в то время как другие сигнальные пути, напротив, «молчат» в трансформированных клетках и тканях.
Внутриклеточная регуляция оказывает большое влияние на метастазирование, инвазию опухоли и резистентность к лекарственной терапии. Алгоритм OncoFinder позволяет количественно оценить активацию сигнальных путей в нормальной клетке и в патологическом образце, в том числе и клетках опухоли.
Ученые исследовали активацию 82 различных сигнальных путей, включающую работу около 2700 генов. Впервые были составлены количественные профили активации сигнальных путей в 292 образцах опухолей, среди которых рак мочевого пузыря, базальноклеточная карцинома, глиобластома, гепатоцеллюлярная карцинома, аденокарцинома легких, сквамозная карцинома языка, первичная меланома, рак простаты и рак почки.
В разработке методики OncoFinder приняло участие более пятидесяти ученых из различных организаций включая группы Николая Борисова (ФМБА России), Александра Алипера (МГУ) Сергея Румянцева (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ), Андрея Гаражи (МФТИ), Михаила Корзинкина (МИФИ), Николая Жукова (МИОИ им. П. А.Герцена), Ольги Ковальчук (Альберта, Канада), Чарльза Кантора (Бостонский Университет), коллектив Чинсонга Жу (Университет Джонс Хопкинс), Александра Жаворонкова (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ).
Платформа OncoFinder имеет широкий спектр возможностей и может быть задействована не только в борьбе с онкологическими заболеваниями, но и старением организма в целом. В предыдущих исследованиях группа ученых доказала, что OncoFinder эффективен для подбора геропротекторов и сравнения различных данных, полученных с помощью микрочипирования и платформ для секвенирования последнего поколения.
Данные об активации сигнальных путей могут быть использованы как онкомаркеры для различных видов опухолей взамен традиционным биомаркерам экспрессии генов. Обработка данных с помощью алгоритма OncoFinder существенно облегчит подбор химиотерапии и прогнозирование динамики заболевания.
О методе рассказывает один из его авторов Андрей Гаража:
