Запущен проект «Клеточный атлас»

Интегральный мембранный белок 2b (ITM2B). Изображение из базы Cell Atlas.

В 2003 году был объявлен завершённым проект «Геном человека» (Human Genome Project). В ходе этой масштабной инициативы исследователи определили последовательность нуклеотидов в ДНК человека и идентифицировали 25 000 активных генов. Недавно на встрече Американского общества клеточной биологии (American Society of Cell Biology) учёные объявили о запуске «Клеточного атласа» (Cell Atlas) — открытой базы изображений высокого разрешения, снятых с помощью микроскопов. Cell Atlas визуализирует расположение нескольких тысяч белков человеческого тела. Создатели надеются, что он поможет развитию протеомики — молодой науки о функциях и взаимодействии белков в живых организмах.

«После завершения проекта «Геном человека», в ходе которого было определено количество генов, кодирующих белки, следующий шаг — исследовать функции этих протеинов, — говорит директор программы Human Protein Atlas Матиас Улен (Mathias Uhlen). — Показать расположение белков во времени и пространстве в субклеточном разрешении — значит сделать важный шаг к новым открытиям, проливающим свет на их работу». Проект Cell Atlas запущен в рамках инициативы «Атлас белков человека» (Human Protein Atlas), стартовавшей в 2003 году при участии шведского Королевского технологического института (швед. Kungliga Tekniska högskolan) и финансировавшейся некоммерческой организацией «Фонд Кнута и Алисы Валленберг» (Knut and Alice Wallenberg Foundation, KAW). Цель программы — описать протеины, кодируемые всеми генами человеческого организма. Клеточный атлас содержит изображения клеток, подвергнутых иммунофлюоресцентному окрашиванию, на этих снимках — более 12 000 белков в 30 разных клеточных структурах. С помощью Cell Atlas учёные смогут получить пространственную информацию о профиле экспрессии генов.

Белок UNC84B в оболочке клеточного ядра.

Мы уже писали о «гражданской науке» и о том, что исследователи успешно привлекают непрофессионалов к решению сложных задач. Создатели Клеточного атласа тоже решили воспользоваться помощью геймеров, и в союзники им достались разработчики самой массовой ММО — Eve Online. Пользователи Eve могут сыграть в мини-игру Project Discovery, в которой нужно анализировать «свежие снимки прямо из лаборатории» (по выражению создателей) и определять, в какой органелле клетки находится выделенный определённым цветом белок — в ядре, цитоплазматической мембране, и так далее. За выполненные задания игроки получают бонусы: чем точнее результат — тем больше награда. «Это поможет нам классифицировать органеллы и прояснить детали в рамках проекта Cell Atlas», — объясняет директор Клеточного атласа Эмма Лундберг (Emma Lundberg). Причём помощь учёным сюжетно обоснована — проектом якобы занимается гуманитарная организация «Сёстры Eve» (Sisters of EVE), которая помогает потерявшимся путникам, сиротам, жертвам войны и преступлений. С помощью полученных данных она надеется получить доступ к технологиям другой фракции — таинственных Скитальцев (Drifters).

«Мы ожидаем, что Cell Atlas сыграет ключевую роль в развитии новой области исследований — пространственной протеомики. Чтобы лучше понять работу человеческих клеток с глобальной точки зрения, в частности, в контексте здоровья и болезни, необходимо получить детальную информацию о молекулярных системах, которые лежат в её основе», — заключает Лундберг. Клеточный атлас доступен на сайте Human Protein Atlas.

Белок клатрин (clathrin).