Антиэйджинг – стволовые клетки и старение

Стволовые клетки под микроскопом 

 

1. Введение

 

В широком смысле старение является нормальным прогрессирующим процессом, сопровождающимся усугублением предрасположенности к заболеваниям и смерти. Тот факт, что процесс старения неизбежен, но поддается регулированию, делает его привлекательной мишенью для исследований, посвященных изучению ассоциированных с возрастом молекулярных изменений. Основная проблема при этом заключается в расшифровке базовых механизмов старения с помощью традиционных экспериментальных подходов, что обусловлено сложностью процесса старения и множественностью вносящих в него вклад факторов.

Это свидетельствует о необходимости изучения старения одновременно во многих аспектах. По этой причине в настоящее время процесс старения изучается с помощью так называемых «-омик» (OMICS), в том числе геномики, транскриптомики, протеомики и метаболомики, что позволяет проводить многофакторное изучение возрастных изменений. Все это указывает на существование потребности в новых подходах к расшифровке биологических основ старения на различных молекулярных уровнях, результаты которой способны углубить наше понимание фундаментальных аспектов биологического старения и долголетия.

Для процесса старения характерно постепенное кумулятивное повреждение структуры и функций стволовых клеток, происходящее на протяжении всей жизни организма. В данной статье обсуждаются интегративные исследования старения стволовых клеток и терапевтический эффект взрослых стволовых клеток, в том числе клеток пуповинной крови, и основополагающие механизмы этого сложного процесса на различных молекулярных уровнях, конечной целью которых является практическое применение стволовых клеток в терапии пожилых людей для поддержания их здоровья. Помимо этого обсуждается интегративный метод – технологии класса «-омик», – способный помочь нам разобраться в сложной биологии старения.

Старение можно рассматривать как процесс, в котором пул эндогенных стволовых клеток с возрастом прогрессивно утрачивает свою способность замещать поврежденные клетки. Почти для всех живых организмов зависимое от времени угасание регенеративного потенциала стволовых клеток несет ответственность за повышенную предрасположенность к старению и ряду возрастных болезней. Пониженная регенеративная способность эндогенных стволовых клеток частично объясняется повреждениями ДНК, изменениями ниш стволовых клеток и активацией гена-супрессора опухолевого роста. Однако неясно, до какой степени эти факторы способствуют старению человека, в особенности старению стволовых клеток, и определяют продолжительность жизни. Сложность процесса старения обуславливает потребность в новых подходах к прояснению его многофакторных механизмов.

 

2. Технологии класса «-омик» и старение стволовых клеток

 

В последние годы для более глубокого погружения в биологию старения применяются новые высокопроизводительные технологии, известные как «-омики», или OMICS. Они применяются в форме различных подходов для изучения сопровождающих старение молекулярных изменений. К «-омикам» относятся технологии, названия которых содержат суффикс «-омик». Эти технологии, в том числе геномика, транскриптомика, протеомика, метаболомика, разработаны для качественного и количественного анализа пулов молекул на разных уровнях. Исследователи применяют «-омики» в экспериментах, целью которых является выявление взаимосвязи между молекулярными изменениями и старением. Однако на сегодняшний день исследования в данной области преимущественно основываются на изучении образцов крови, содержащих различные типы клеток, и обычно используют одну из «-омик», что затрудняет интерпретацию выявляемого феномена или приводит к ошибочной интерпретации сложного процесса старения.

Еще одним фактором, усложняющим проведение исследований, являются возрастные тканеспецифичные изменения генной экспрессии, еще больше усложняющие интерпретацию процесса. Поэтому альтернативным подходом может быть изучение старения стволовых клеток с помощью «-омик».

Стволовые клетки на протяжении взрослой жизни организма выступают в роли эндогенного источника клеток, замещающих клетки, погибающие в ходе гомеостаза или повреждений. Регенеративная способность разных тканей угасает по мере старения и часто перестает соответствовать потребностям развивающих тканей, что приводит к развитию множества возрастных фенотипов или болезней. В результате в процессе старения накопление нарушений функции может проявляться в различных макромолекулах, начиная от ДНК и заканчивая метаболитами, считающихся наиболее приближенными к фенотипам. Поврежденные макромолекулы, в свою очередь, нарушают сигнальные пути, что способствует возникновению сопровождающей старение дисфункции стволовых клеток и формирует порочный круг. Помимо этого сокращение пулов стволовых клеток, по всей вероятности, ассоциировано с сопровождающим старение функциональным угасанием гемопоэза, нейрогенеза и миогенеза. Поэтому можно предположить, что ключом к задержке процесса старения или его обращению вспять является углубление наших знаний о взрослых стволовых клетках.

Так же, как и другие факторы старения, механизмы, индуцирующие зависящее от времени угасание стволовых клеток, до сих пор остаются малопонятными и поэтому нуждаются в интегративном анализе, для проведения которого можно применить технологии класса «-омик». Понимание молекулярных процессов, вовлеченных в нарушение функционирования стволовых клеток, может пролить свет на причины старения, что в конечном итоге приведет к появлению стратегий предотвращения запуска процесса старения или его обращения вспять.

Поддержание жизнеспособности стволовых клеток или их омоложение обладает большим терапевтическим потенциалом в отношении возрастных нарушений. Например, гетерохронный парабиоз – создание общей кровеносной или физиологической системы между молодым и старым организмом – продемонстрировал свою эффективность в устранении возрастных фенотипов посредством улучшения функционирования стволовых клеток. Одно знаковое исследование парабиоза продемонстрировало, что поступление молодых клеток крови в кровоток старых мышей облегчает проявления нарушений познавательной функции, улучшая пластичность синапсов головного мозга. Результаты еще одного эксперимента продемонстрировали, что под действием ниши мышечной ткани молодых мышей у старых животных происходила регенерация поврежденных сателлитных клеток, что обеспечивало восстановление регенеративного потенциала мышечной ткани.

Получаемые в последнее время данные также подтверждают, что снижение регенеративной способности обратимо и что процесс старения можно отсрочить за счет улучшения функционирования стволовых клеток, что способствует восстановлению поврежденных тканей. Это свидетельствует о том, что воздействие на стволовые клетки разного происхождения может обеспечить восстановление ассоциированных с возрастом дефектов посредством замены поврежденных клеток в стареющих тканях.

По мере расширения сферы применения в настоящее время метаболомика превращается в новый подход к расшифровке вовлеченных в старение механизмов регуляции метаболизма. Метаболиты являются продуктами сложных биологических процессов и могут рассматриваться в качестве конечных реакций на внутренние состояния и внешние воздействия, которые, возможно, способны предоставить новые неожиданные данные о том, каким образом угасание функций стволовых клеток влияет на старение человека. Было продемонстрировано, что окислительный метаболизм и поддержание функционирования митохондрий ассоциированы со старением стволовых клеток. В соответствии с этим, метаболическим состояниям стволовых клеток принадлежит ключевая роль в определении судьбы клеток, которые могут либо пролиферировать, либо дифференцироваться. Оба состояния преимущественно ассоциированы с механизмами, регулирующими баланс между гликолизом и окислительным фосфорилированием. Помимо этого, клинические исследования, посвященные изучению взаимосвязи между старением и метаболическими профилями, продемонстрировали существование сильных корреляций между специфичными для возраста метаболитами, некоторые из которых ассоциированы с окислением жирных кислот, что свидетельствует о важности метаболомики для интерпретации процесса старения.

 

2.1. Анализ транскриптома нервных стволовых клеток в процессе дофаминовой дифференцировки

 

В своем исследовании авторы в первую очередь проанализировали изменения экспрессии генов в нервных стволовых клетках в процессе дифференцировки в дофаминергические нейроны и по мере пересевов на новый пассаж в пролиферативном состоянии. Оба эти состояния можно рассматривать как старение: дифференцировку – как компонент «хронологического старения», а увеличение пассажей – как «репликативное старение».

В процессе дифференцировки нервные стволовые клетки продемонстрировали специфичные для этой стадии развития профили генной экспрессии, при этом специфичные гены принимали участие в нейрогенезе посредством формирования молекулярной сети ко-экспрессии.

В условиях поддержания пролиферативного состояния стволовые клетки индуцировали экспрессию генов, белковые продукты которых вовлечены в фосфорилирование, пролиферацию клеток, киназный каскад, реакцию на стресс и передачу сигналов.

Для вступления в фазу дифференцировки характерно повышение экспрессии генов, преимущественно вовлеченных в митотический клеточный цикл, митоз и деление клетки. На поздних стадиях дифференцировки происходит повышение экспрессии генов, ответственных за передачу сигналов в синапсах и регуляцию синаптической пластичности.

Полученные результаты четко продемонстрировали, что в старение клеток в состояниях пролиферации и дифференцировки вовлечены разные биологические процессы, скорее всего, приводящие к синтезу метаболитов, специфичных для разных клеточных состояний.

 

2.2. Анализ транскриптома при влиянии гипоксии на клетки плаценты по мере увеличения пассажей (пересева)

 

Помимо этого авторы изучали влияние гипоксии и нормоксии на многократно пересеваемые клетки плаценты на основании данных транскриптома. Онтологический анализ генов показал, что большинство генов, для которых характерна повышенная экспрессия в условиях гипоксии, ассоциированы с пролиферацией клеток, синтезом макромолекул, метаболическими и сигнальными путями, а также клеточным гомеостазом. Это было подтверждено полученными in vitro данными, согласно которым условия гипоксии повышают пролиферативную способность культуры клеток. При этом снижение экспрессии в условиях гипоксии было характерно для генов, ассоциированных с клеточной гибелью/апоптозом и агрегацией белков, что поддерживает гипотезу, согласно которой белковый гомеостаз и баланс между пролиферацией и физиологическим старением критичны для старения стволовых клеток.

Эти данные свидетельствуют о том, что в условиях гипоксии стволовые клетки входят в состояние, характеризующееся повышенной пролиферацией и выживаемостью и подавлением механизмов клеточной гибели и способствующих старению сигнальных путей. На поздней стадии культивирования клеток многие из дифференциально экспрессирующихся в условиях гипоксии генов были ассоциированы со сборкой нуклеосом и организацией хроматина, что свидетельствует о вовлеченности эпигенетической регуляции.

И наконец, авторы составили метаболические профили стареющих мышей, которым были трансплантированы клетки плаценты. Большая часть метаболитов, уровни которых повысились в результате клеточной терапии, были ассоциированы с метаболизмом липидов, что, вероятно, ассоциировано с уникальными профилями генной экспрессии после трансплантации клеток и указывает на целесообразность проведения дальнейших исследований с использований интегрированных данных, полученных с помощью «-омик».

Полученные результаты придают вес мнению, согласно которому изучение старения стволовых клеток с помощью «-омик» является эффективным подходом к расшифровке биологических основ процесса старения.

Эти данные подтолкнули авторов к проведению продолжающегося в настоящее время исследования, в рамках которого старым мышам (старше 23 месяцев) переливают пуповинную кровь человека (самую молодую доступную кровь). Помимо этого проводится клиническое исследование результатов переливания пуповинной крови старым людям. Также в качестве потенциального антивозрастного средства изучаются мезенхимальные стволовые клетки плаценты человека. Эксперименты на животных продемонстрировали улучшение познавательной функции через 12 недель после введения таких клеток. Для проведения дальнейших трансляционных исследований в настоящее время проводится аналитические исследования с помощью технологий класса «-омик».

 

3. Заключение

 

Характерные для старения физиологические изменения и индивидуальные отличия всегда вызывали затруднения у исследователей, пытающихся разобраться в нормальном процессе старения, что свидетельствует о потребности в новых стратегиях, позволяющих проводить интегративное изучение молекулярных изменений вместо применения традиционных экспериментальных подходов. Технологии класса «-омик» позволяют одновременно оценивать динамические молекулярные изменения на разных уровнях с получением большого количества разных типов данных, что облегчает идентификацию биомаркеров старения/омоложения и, соответственно, предотвращение возрастных заболеваний.

Исследования с использованием «-омик» позволили с новых точек зрения взглянуть на то, какие молекулярные механизмы определяют сложный прогрессирующий процесс, несмотря на то, что еще очень многое еще предстоит прояснить. В частности, в комбинации с геномикой, транскриптомикой и протеомикой изучение метаболического профиля может предоставить беспрецедентные данные о старении. В целом интеграция и контекстно-зависимая интерпретация предоставляемых «-омиками» многогранных данных значительно облегчает понимание сложного процесса старения.

 

Источники:

Antiaging — Effect of Stem Cells on Aging and Stem Cell Aging
Jisook Moon and Sang-Hun Bae, College of Life Science, Department of Bioengineering, CHA University, Seoul, Korea.
Глава из сборника Progress in Stem Cell Transplantation
Edited by Taner Demirer, издательство InTech, 2015.

Перевод: Евгения Рябцева Портал «Вечная молодость» http://vechnayamolodost.ru
22.08.2016

 

 

Перспективные методы омоложения организма через эпигенетику

aging eternal law age measurement and determination dr steve horvath 2 700x325 

Исследования механизмов эпигенетики, активно проводившиеся во второй половине 20-го и начале 21-го века выявили однозначную их связь с возрастом организма, старением его отдельных органов и всего человека в целом.

 прочитать подробнее о метилировании ДНК, эпигенетике и их связи с со старением 

 

Эпигенетический биологический возраст

 

С развитием методов секвенирования появилась возможность не просто констатировать факт возрастного изменения метилирования ДНК, но и детально разобраться в том, где и на каких участках ДНК происходят эти изменения.

 

w512

По статье ([11] ). Люди одного и того же хронологического возраста могут иметь разные по биологическому возрасту геномы. Одни люди моложе своего паспортного возраста, другие наоборот старше.

 

Выяснилось, что для ряда участков ДНК уровень метилирования линейно зависит от возраста организма. Это позволило построить модель, которая могла предсказывать возраст субъекта на основе уровня метилирования всего двух молекул цитозина в геноме ([[1]]). Использование 353 таких участков позволило построить универсальную и точную модель эпигенетических часов. Эта модель позволяет не только определять биологический возраст донора ткани, но также сравнивать возраст разных тканей человеческого тела ([[2]]). Использование этого метода позволило приоткрыть тайну «нестареющих детей». Выяснилось, что, хотя по данным антропологического обследования и внешне эти люди, выглядевшие детьми, не старели, их возраст по данным эпигенетических часов оказался не моложе их хронологического «паспортного» возраста ([[3]]). Зато у людей, которые доживают до почтенного возраста в 105 – 109 лет, их эпигенетический биологический возраст, как оказалось, примерно на 8 – 9 лет моложе паспортного возраста. Замедленным старением по сравнению со сверстниками нередко отличаются и их потомки ([4]).

Использование эпигенетических часов позволяет довольно точно предсказывать риск смерти от старческих заболеваний ([[5]],[[6]],[[7]]) и, в частности, вероятность заболеть раком ([[8]],[[9]]). В проведенном 18-тью исследовательскими группами в Европе, Азии и Америке исследовании точности эпигенетические тестов, основанных на метилировании ДНК, было признано что «эпигенетические часы» пригодны для применения в клинических исследованиях ([[10]]). На сегодняшний день эпигенетический метод является наиболее точным для определения «биологического» возраста и считается эталонным для сравнительной оценки других методов. Сдерживающим фактором для широкого применения данного метода является его высокая стоимость.

 

Омоложение организма через воздействие на эпигенетику

 

В связи с вышеизложенным возникает вопрос: «Если длительность нашей жизни определяется часиками «записанными» в нашем эпигеноме, нельзя ли подправить эти записи, подобно тому, как это делают иногда с записями в паспорте. Стереть запись о прожитых годах и вместо неё вписать данные о молодом возрасте?» Поскольку, как показано выше, эпигенетические часы, основанные на анализе ДНК, позволяют предсказывать риск смерти от старческих заболеваний, логично предположить, что заменив эти соответствующие старению и смерти «записи» на те, что свидетельствуют о здоровье, можно перепрограммировать организм на состояние здоровья. (При этом необходимо учесть, что некоторые из подобных «записей» это лишь маркер адаптации организма к патологическому состоянию.)

 

w513

По материалам ([12]). ИПСК, полученные перепрограммированием из соматических клеток тканей старых людей, при дифференциации обратно в соматические клетки, не возвращаются в старческое состояние, а превращаются в молодые соматические клетки

 

Эксперименты по клеточному перепрограммированию показали, что многочисленные отличительные черты старения могут быть обращены вспять в более молодое состояние, а это доказывает обратимость, пластичность старения ([[13]],[[14]],[[15]],[[16]]). Индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (ИПСК), даже от очень старых людей, в основном неотличимы от эмбриональных стволовых клеток (ЭСК) по уровню экспрессии таких связанных с возрастом маркеров как длина теломер, или функции митохондрий. Клетки дифференцированные из ИПСК не возвращаются в старческое состояние, а превращаются в молодые соматические клетки ([[17]). Однако, несмотря на то что в опытах с генетически модифицированными мышками удается непосредственно в живой мышке осуществлять клеточное перепрограммирование до плюрипотентности в самых разных её тканях ([[18]]), в том числе в тканях желудка, кишечника, поджелудочной железы, сердца, головного мозга, печени и почек, продлить жизнь животного с помощью этого метода не удается из-за склонности этих клеток к образованию тератом — опухолей эмбрионального типа ([[19]],[[20]],[[21]]). Поэтому необходима разработка методов прямой трансдифференцировки, без предварительного прохождения клеток через стадии плюрипотентного состояния, но так чтобы клетки при этом становились сравнительно молодыми. Даже используя препараты малых молекул, которые влияют на метилирование ДНК не избирательно, удаётся при некоторых условиях добиться сравнительного омоложения клеток, не доводя их до ИПСК. Так, например, путём непродолжительной обработки стволовых клеток костного мозга и жировых клеток комбинацией тромбоцитарного фактора роста PDGF-AB и ингибитора метилирования ДНК — 5-азацитидина, удается получить так называемые, индуцированные мультипотентные стволовые клетки, которые по утверждению авторов, способны непосредственно участвовать в процессах регенерации тканей и при этом не образуют опухолей ([[22]]). Воздействуя на стволовые клетки костного мозга другим ингибитором ДНК метилтрансферазы (RG108), удалось вызвать у них процессы омоложения ([[23]]). В недавно проведённом исследования репрограммирования удалось достичь с помощью активатора транскрипции, на основе CRISPR-dCas9 соединенного с двумя VP64 эффекторами, направленного на эндогенный ген Myod1 ([24]). Эти превращения происходят «в одну стадию» — путём прямой трансдифференцировки, без каких-либо промежуточных стадий дедифференцировки поэтому более безопасны. Такие исследования доказали что для перепрограммирования вовсе не обязательно «танцевать от печки» и получать сперва ИПСК, а уже потом из них дифференцировать необходимые соматические клетки.

Основным препятствием на пути к такому перепрограммированию клеток из старых и больных в молодые и здоровые в живом организме является необходимость одновременно воздействовать на несколько сотен генов во всех его клетках. Эта кажущаяся неразрешимой задача, на самом деле уже по плечу исследователям. Разработка различных ферментов на базе   CRISPR-Cas9 позволяет с помощью подобранной библиотеки направляющих РНК  (sgRNA) проводить правку эпигенома и воздействовать одновременно на десятки, выбранных для модификации генах ([[25]],[[26]]). В стадии разработки находятся способы доставки таких достаточно громоздких ферментных комплексов. Поскольку они не умещаются в обычные вирусные частицы, использовавшиеся до настоящего времени, идет разработка способов доставки их с помощью внеклеточных везикул, вроде микросом и экзосом ([27]).

Конечно, несмотря на обнадёживающие результаты, лечение старения и перепрограммирование такими не избирательными препаратами напоминает ремонт будильника с помощью молотка и клещей. Нужны препараты более целенаправленного действия подобные тем, что используют растения для омоложения при вегетативном размножении черенками. И подобные препараты стали появляться

 

 w514

По ([28]). Универсальные системы для избирательной активации и репрессии генов. Избирательность достигается за счет направляющих РНК с разными узнающими уникальные участки ДНК последовательностями («гребешок» окрашенный в разные цвета), а также узнающие разные аптамеры: активаторы (фиолетовая петля) и репрессоры (синяя петля).

 

Созданы системы для избирательной активации и репрессии генов. Насильно активируя или наоборот, подавляя активность определённых генов можно воздействовать и на эпигеном, поскольку обнаружено, что изменения в транскрипционной активности косвенно регулируют локальные H3K27me3 модификации гистонов хроматина ([29]). Там, где такой способ не пройдет можно будет использовать эпигенетический активатор на основе белка dCas9, соединенного с каталитическим доменом человеческой ацетилтрансферазы p300 ([30]). Ацетилируя гистон H3 этот фермент избирательно (по наводке направляющей РНК) переводит инактивированные участки хроматина в активные.

Недавние разработки показали, что избирательно воздействовать можно и на метилирование ДНК. Например, с помощью dCas9 соединенного с каталитическим доменом метилтрансферазы Dnmt3a, осуществляющей de novo метилирование ДНК ([31]). Причем такое насильное метилирование ДНК держится, по меньшей мере, 8 дней. Аналогичным образом, используя другой искусственный фермент на основе dCas9, но уже присоединенный к каталитическому домену TET1, инициирующему деметилирование ДНК ([32]), можно избирательно удалять вызванное гиперметилированием ингибирование отдельных генов. В том числе тех, которые предопределяют старение. Там где описанные выше методы изменения уровня метилирования ДНК не помогут, можно использовать более радикальный способ — вырезать участки метилирования и заменять их на аналогичные, но неметилированные участки и наоборот неметилированные заменять на метилированные.

Поскольку ферменты на базе dCas9, воздействующие на эпигеном, разработаны лишь совсем недавно (в основном в 2016 году), их применения для воздействия на эпигенетику старения следует ожидать не ранее 2017 года.

Литературу смотрите в первоисточнике: rlegroup.net

Автор: Дмитрий Джагаров, специально для RLEgroup

Генетический редактор впервые "принудил" раковые клетки к суициду

генетический суецид рака

 

Молекулярные биологи впервые успешно применили геномный редактор CRISPR/Cas9 для подавления роста раковых клеток и включения программы их суицида, и использовали его для лечения нескольких мышей от рака, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature Methods.

Геномный редактор CRISPR/Cas9, названный главным научным прорывом 2015 года, был создан американским ученым Фэнем Чжаном (Feng Zhang) и рядом других молекулярных биологов примерно три года назад, и с тех пор он пережил несколько модернизаций, которые позволяют ученым использовать его для редактирования генома со стопроцентной точностью.

Один из наиболее перспективных вариантов использования CRISPR/Cas9, как рассказывают Чжимин Цай (Zhiming Cai) из университета Шэньчжэня (Китай), является возможность применения данного редактора для "починки" систем самоуничтожения в раковых клетках, поломка которых чаще всего является причиной формирования опухоли и ее бесконтрольного размножения.

 

Молекулярный "паспорт"

Эта идея считается правительством КНР настолько перспективной, что еще в июле этого года китайские молекулярные биологи получили разрешение на проведение подобных опытов на добровольцах с неизлечимой формой рака легких, который ученые попытаются уничтожить, перепрограммировав их иммунные клетки.

Цай и его коллеги сделали первый шаг к реализации этой задачи, успешно испытав CRISPR/Cas9 в деле борьбы с раком на мышах, превратив его в своеобразную "экстренную кнопку", реагирующую на внутриклеточные или искусственные химические сигналы и заставляющую клетку исполнить определенные действия, в том числе и убить себя.

Это небольшое изменение меняет суть CRISPR/Cas9 – оно превращает этот редактор в избирательный инструмент, фактически в программируемый био-компьютер, который начинает редактировать ДНК только при исполнении некоторых условий, к примеру, присутствия особых дефектных белков в раковых клетках или сигнальных молекул препарата, которые вводятся в опухоль врачами.

Подобная система работает достаточно просто – в ней, вместо обычных "направляющих" РНК, содержащих в себе информацию о редактируемых генах, используются специальные версии этих молекул, которые блокируют работу белка Cas9, производящего все операции над геномом. На одном из ее концов расположен участок, к которому может присоединиться определенная молекула лекарства или белка, и разблокировать Cas9.

 

Боевая ДНК-редактура

Более того, подобный подход позволяет не просто убивать определенные клетки, как объясняют ученые, но и создавать целые логические цепочки и своеобразные "био-компьютеры" на базе РНК, которые будут принимать самостоятельные решения внутри организма по тому, как лечить ту или иную болезнь или какие изменения нужно проводить в геноме в текущий момент времени и при текущих обстоятельствах.

Проверив работу этой системы на культурах раковых клеток в пробирке, группа Цая попыталась использовать ее для лечения рака, настроив ее таким образом, что редактор включался при появлении молекул белка NPM, сигнализирующего о начале развития рака в мочевом пузыре. Когда Cas9 включался, он активировал так называемые "белки-стражи" p53 и p21, отключенные или малоактивные в раковых клетках. Оба этих вещества отвечают за запуск апоптоза, программы клеточного самоуничтожения, включающейся в нормальных условиях при фатальном повреждении ДНК.

Их искусственное включение, как показали опыты на мышах, в чье тело ученые ввели небольшие фрагменты опухолей, приводило к массовой гибели раковых клеток и резкому уменьшению размеров и массы опухоли, но при этом работа CRISPR/Cas9 никак не затрагивала здоровые клетки, где молекулы NPM и прочих онкомаркеров встречаются крайне редко или не присутствуют в принципе.

Подобные успехи и создание системы "программирования" CRISPR/Cas9, как надеются авторы статьи, ускорит разработку противораковых геномных вакцин, безопасных для клинического применения, и поможет им быстрее пройти испытания на животных и добровольцах.

12.09.2016 Источник: ria.ru

Метилирование ДНК и некоторые другие эпигенетические механизмы, регулирующие старение

1SE20RHCazfmuAClaH7s YXXXL4j3HpexhjNOf P3YmryPKwJ94QGRtDb3Sbc6KY 700x325

 

Вступление. Открытия лаборатории Белозерского.

 

В конце 1960-х годов в МГУ, на одном из семинаров межфакультетской лаборатории биоорганической химии, сотрудник А.Н. Белозерского, Борис Ванюшин, занимавшийся изучением необычных нуклеотидов в составе ДНК, высказал идею о том, что некоторые из этих необычных нуклеотидов, а именно 5-метилцитозин, играют важную роль в механизмах регуляции экспрессии генов, клеточной дифференцировки и процессов старения организма.

Metilirovanie300x120Образование этого 5-метилцитозина в ДНК было обусловлено ферментативным метилированием обычного цитозина, то есть посадкой на него метильных групп. ДНК в месте посадки на её цитозин метильных групп несколько изменяла свои свойства.

Количество 5-метилцитозина в ДНК менялось в разные периоды жизни организма от максимального, при рождении, до минимального, у дряхлого от старости. Так впервые в СССР была сформирована идея о том, что старение на уровне генома регулируется эпигенетически ([1]   [2]) — то есть путём механизма вызывающего длительное и стабильное изменение экспрессии генов, которое не связано с изменениями в последовательности ДНК. В последующем Ванюшин опубликовал цикл работ под названием «Метилирование ДНК — эпигенетический контроль за генетическими функциями организма» и в 1977 году вместе с Г. Бердышевым книгу «Молекулярно-генетические механизмы старения».

К сожалению, из-за сложности и затратности, используемой в те годы технологии изучения процессов метилирования ДНК, дальнейшие исследования в этом направлении были резко сужены.

Сегодня имеется множество разных методов определения метилирования ДНК, некоторые из которых (прохождение цепи ДНК через микропору генноинженерного белка порина А) позволяют читать результаты, не разрушая при этом ДНК, что намного упростило и удешевило подобные исследования ([3] [4])

Ванюшин был поражен ярко выраженным глобальным уменьшением степени метилирования ДНК во всех органах нерестящейся горбуши, которая после нереста очень быстро погибает от внезапно наступившей старости. Аналогичное понижение уровня метилирования ДНК и запрограммированная гибель наблюдалась и у таких растений как бамбук и агава – процессы, которые запускались только после цветения этих растений. Срубив цветоносный побег можно надолго остановить этот процесс старения и предотвратить резкое понижение уровня метилирования ДНК ([5]). Быстрое снижение общего уровня метилирования ДНК наблюдалось при старении однолетнего растения Arabidopsis thaliana ([6]), но не в случае, когда оно из-за засоленной почвы превращалось в многолетник ([7]). Более того была найдена мутация drd1-6, которая воздействуя на механизм регулирующий старение листьев с помощью RdDM (RNA-directed DNA methylation) ([8]), т.е. через микроРНК воздействующую на метилирование ДНК, вызывала резкое замедление старения листьев Arabidopsis ([9]).

Чемпион по уровню метилирования ДНК Гигантская секвойя (24% генома, тогда как у мыши их всего 4%, а у винной мушки 0.03%), которая может достигать возраста в 2000-4000 лет, обладает способностью к вегетативному размножению путём клонирования. Так вот, эта способность резко снижается с возрастом растения и фазой его развития, как и у всех многолетних растений. Одновременно снижается уровень метилирования ДНК (до 14% генома). Однако стоит высадить  обработанный фитогормонами черенок в землю, как через некоторое время происходит удивительное омоложение – после того как растение образует корни, способность к вегетативному размножению путём клонирования резко возрастает и одновременно восстанавливается повышенный уровень метилирования ДНК ([10]).

 

Эпигенетика

 

Что же за наука — эпигенетика? Вот как Борис Ванюшин объясняет этот термин: «Эпигенетика – наука о наследуемых свойствах организма, которые не связаны с изменением собственно нуклеотидной последовательности ДНК и могут быть не прямо, а опосредованно закодированы в геноме. К числу известных эпигенетических механизмов (сигналов) относятся: энзиматическое метилирование ДНК, гистоновый код (разные энзиматические модификации гистонов – ацетилирование, метилирование, фосфорилирование, убиквитинирование и др.) и замалчивание генов малыми РНК (miRNA, siRNA).» ([11]).

 

Модификации гистонов при старении

 

Коротко остановимся на энзиматических (ферментативных) модификациях гистонов. Гистоны это щелочные белки, участвующие в упаковке ДНК в ядре (ДНК намотана на множество состоящих из гистонов катушек-кассет, называемых нуклеосомами) и одновременно выполняющие функцию структуры регулирующей, под влиянием их эпигенетических модификации, такие процессы как транскрипция, репликация, репарация.

Ферменты модифицирующие гистоны обычно объединены в комплексы из многих белков, такие как, например, поликомб ингибиторные комплексы PRC1 и PRC2 или комплекс NuRD (Nucleosome Remodeling Deacetylase). Наиболее изученными   являются метки гистона H3, такие как H3K27me3, H3K4me3, H3K27ac1 (где за названием гистона H3 идёт буква K обозначающая аминокислоту лизин, затем порядковый номер этой аминокислоты в последовательности аминокислот гистона H3, затем сокращенное название модифицирующей метки: me – метильная или ac ацетильная группа и цифра отображающая количество таких групп).

Эти гистоновые метки, очевидно, играют важную роль в процессах, от которых зависит продолжительность жизни, что подробно обсуждается в одном из последних обзоров ([12]). Так, например, ингибирование фермента уменьшающего степень метилирования метки не активного хроматина — H3K27me3 до H3K27me1 в ответ на дисфункцию митохондрий, препятствует активации механизма, реагирующего на развёрнутые белки UPRmt (unfolded protein response) – консервативного механизма препятствующего ускоренному старению у таких эволюционно далёких друг от друга видов как червячок C. Elegans и млекопитающее — мышка ([13])

Обнаружено, что некоторые важные для понимания, изменения метилирования ДНК, происходят главным образом в районах так называемого бивалентного хроматина. ([14]) Особенностью бивалентного хроматина является то, что на таком хроматине обычно расположен ключевой набор онтогенетически регулируемых генов, которые характеризуются тем, что несут сразу два (би, от лат. bis — «дважды») типа меток гистона H3: 1.) активные (H3K4me3 – трижды метилированный лизин в положении 4) и 2.) неактивные (H3K27me3 — трижды метилированный лизин в положении 27; (не путать с H3K27ac3 — трижды ацетилированным лизином в положении 27, который наоборот является меткой активного хроматина).

В клетках взрослого организма метка H3K27me3 частично заменяется на метку H3K9me3 (гистон H3 с трижды метилированным лизином в положении 9) ([15]).

При старении изменения метилирования ДНК затрагивают в первую очередь именно участки хроматина с репрессивными метками (H3K9me3 и H3K27me3), а также гены, кодирующие белки группы Поликомб – белки участвующие в работе комплексов PRC1 и PRC2 ([16]).

Показано, что признаками преждевременного старения клеток (называемого синдромом Вернера), являются глобальная потеря H3K9me3 наряду с гипометилированием ДНК, а также изменения активности ряда генов и архитектуры гетерохроматина ([17]).

По данным Sun и других исследователей, при старении стволовых клеток из которых образуются клетки крови, в их геноме исчезают 355 бивалентных участков хроматина, характерных для молодого организма, но при этом возникает 1245 бивалентных участков хроматина, характерных для старого организма ([18]). Они также обнаружили, что увеличение метки активного хроматина H3K4me3 тесно коррелирует с гипометилированием ДНК (следует отметить, что в работе других исследователей такая же корреляция при вызванном старением гипометилировании была обнаружена для H3K4me1, причем она не зависела от типа клетки ([19])), тогда как H3K27me3 расположена как на участках с гипо- , так и на участках с гиперметилированием ДНК. Кроме того с гипометилированием ДНК коррелировало снижение метки H3K36me3, характерной для процессов связанных с транскрипционной элонгацией и сплайсингом. Следует отметить, что истощение H3K36me3 приводит к значительному сокращению продолжительность жизни ([20]).

 

Метилирование ДНК

 

Теперь что представляет собой метилирование ДНК. Это результат процессов, в ходе которых на определённые нуклеотиды в составе ДНК садится или же наоборот удаляется метильная группа. Такая метильная группа может исполнять роль метки-закладки, информирующей белковые комплексы как им себя вести относительно этого участка ДНК. Например, если метильные метки расположены на промоторе (последовательности нуклеотидов ДНК на которую садится РНК-полимераза чтобы начать синтез РНК) гена, то это обычно приводит к ингибированию (репрессии) данного гена. Удаление с промотора метильных групп (деметилирование) приводит к активации (дерепрессии) такого гена.

ДНК построена из четырёх нуклеотидов, но у эукариот метилированию обычно подвергается только один из них – цитозин.

Посадку метильной группы осуществляет фермент ДНК-метилтрансфераза.

Следует при этом отметить, что регуляция посредством метилирования ДНК характерна не для всех организмов. Так, например у плодовой мушки дрозофилы число таких метилированных цитозинов ничтожно мало – всего 0.03%, а у червячка C. elegans и дрожжей и того меньше ([21]). У мышки их заметно больше – порядка 4%.

Казалось бы так ли уж важно понимать процессы метилирования ДНК для того чтобы разобраться в механизмах старения, ведь у плодовой мушки и у дрожжей эти процессы не играют существенной роли, однако они стареют также как и другие организмы. Почему важно изучать роль метилирования ДНК в механизмах старения?

Начнём с того, что метилирование ДНК как правило, исчезает при образовании зиготы – клетки, образующейся в результате оплодотворения и с которой начинается процесс развития нового организма. Затем, по мере развития организма, происходит постепенное накопление всё новых и новых метильных групп. Причем характер метилирования, регулирующего генную активность (экспрессию) при делении клеток передается вновь образованным клеткам. Считается, что метилирование ДНК позволяет стабилизировать экспрессию генов в клетках, закрепляя «клеточную память» в клетках, которые делятся и дифференцируются из эмбриональных стволовых клеток в клетки различных специализированных тканей организма. Поскольку изменение метилирования ДНК закреплено клеточной памятью и стабильно наследуется клетками-потомками данной клетки, но не является само по себе мутацией ДНК, его можно назвать эпигенетическим. ([22]) Все соматические клетки организма (за исключением иммунных клеток вроде T и B клеток, а также эритроцитов, которые при созревании вообще теряют ядро), несмотря на значительные различия в их физиологических функциях, имеют ДНК с одной и той же последовательностью нуклеотидов, но отличающуюся по характеру метилирования. Этот феномен — что в разных клетках одного и того же организма ДНК метилирована по-разному, Ванюшин с соавторами обнаружили ещё в 1970 м году, что уже тогда позволило им первыми заявить, что метилирование ДНК – механизм регуляции экспрессии генов и клеточной дифференцировки ([23]). Было обнаружено что после рождения в ходе старения у коровы, крысы и у мышей понижается содержание метилированного цитозина, причем понижение это происходит главным образом на участках ДНК, несущих многократно повторяющиеся последовательности ([24]     [25]). При этом была подмечена закономерность — Mus musculus теряет участки метилирования со скоростью порядка 4,7 Х 104 (в месяц примерно 0.012% от уровня новорожденного), тогда как Peromyscus leucopus теряет 5-метилцитидин со скоростью 2.3 Х 104 (в месяц примерно 0.006% от уровня новорожденного) и при этом живет в два раза дольше чем Mus musculus. У человека общий уровень метилирования ДНК в соматических клетках также неуклонно снижается. В фибробластах человека при приближении репликативного старения, когда способность клетки к делениям заметно падает, происходит общее снижение уровня метилирования ДНК (главным образом в районах бедных на содержание генов, поздно реплицирующихся участков, а также LAD (lamina-associated domain) – доменах ДНК примыкающих к ядерной мембране (что сопровождает отслаивание гетерохроматина от ядерной ламины и замену ламина А на его укороченный аналог – прогерин ([26]) ), Все эти участки обычно несут метки гистонов неактивного хроматина — гетерохроматина). Вместе с тем происходит очаговое гиперметилирование там, где расположены CpGi островки, локализованные на генных промоторах, где метилирование ДНК приводит к ингибированию генов. По мнению авторов этого исследования и их последователей, постаревшие клетки очень похожи на раковый эпигеном ([27]   [28]).

 

Epi 2 1024x661Участок ДНК с CpG динуклеотидом Фото: серыми столбиками обозначены водородные связи с противоположной комплементарной цепью ДНК

 

Однако в стволовых клетках предшественниках клеток крови, которые сохраняют способность к делению до глубокой старости организма метилирование ДНК не снижается, а перераспределяется: усиливается в участках генома связанных с лимфоидной и эритроидной специализацией. В результате при старении количество образуемых клеток этих типов снижается ([29]).

 

CpG участки и CpG островки

 

Обычно метилирование, связанное с изменениями активности генов, происходит на цитозине расположенном на так называемых CpG участках ДНК, где за нуклеотидом цитозина в направлении от 5I (пять штрих) к 3I (три штрих) (исходя из нумерации атомов углерода в молекуле сахара пентозы, см. рисунок) следует нуклеотид гуанина (это часто обозначают так: 5I → 3I).

 

Epi 3 700x560Участок ДНК с CpG динуклеотидом (серыми столбиками обозначены водородные связи с противоположной комплементарной цепью ДНК). Фиолетовая стрелка указывает на метильную группу 5-метилцитозина. Метилирование ДНК в CpG динуклеотидах обычно симметрично.

 

С развитием технологии секвенирования накопились данные о том что помимо метилирования на CpG участках существует также достаточно значимое не-CpG-метилирование, когда в окружении 5-метилцитозина вместо гуанина стоят другие нуклеотиды. Не-CpG метилирование имеет несколько свойств, которые отличают его от CpG метилирования. Так, в отличие от метилирования участков CpG, которое обычно симметрично, то есть метилирован цитозин на обеих цепях ДНК (гуанину комплементарно противостоит цитозин в противоположной цепи), при не-CpG-метилировании метильная группа чаще сидит только на одной из цепей ДНК — то есть не симметрично ([31]).

Скопления таких CpG динуклеотидов называют CpG островками и обозначают CpGi. Такие CpGi можно встретить более чем у половины всех генов составляющих геном организма. Длина таких островков обычно не превышает тысячи нуклеотидов. CpG динуклеотиды островков CpGi составляют только 1-2% всех CpG динуклеотидов и в большинстве случаев не метилированы. Если CpGi находится на территории промотора гена, то его метилирование приводит к ингибированию функции этого гена. Если же CpGi находится в другой части гена, например, в районе энхансера (англ. enhancer — усилитель) — небольшого участка ДНК, способного связываться с факторами транскрипции и таким образом увеличивать уровень транскрипции генов — то это метилирование может стимулировать транскрипцию.([32]   [33])

 

Метилирование повторов, промоторов и энхансеров

 

Метилирование CpG на большей части генома направлено на стабилизацию генома путём контроля ДНК повторов. К числу таких повторов относятся: расположенные по бокам транспозонов, ретровирус-подобные (в отличие от ретровируса они не имеют гена env) элементы длиной 100-1800 пар нуклеотидов, называемые ещё длинными терминальными повторами LTR (long-terminal repeats); длинные (3,500-8000 п.н.) вкрапления ядерных элементов LINE (long interspersed nuclear elements); короткие (длиной 50-700 п.н.), имеющие на 3’-конце поли (А) последовательность, вкрапления ядерных элементов SINE (short interspersed nuclear elements), такие как Alu. Эти повторы, составляющие порядка трети от всего генома, по мнению ряда авторов, представляют собой мобильные паразитирующие ретротранспозируемые элементы ([34]), которые путём метилирования ДНК поддерживаются в неактивном состоянии, что позволяет избежать риска инсерционного мутагенеза ([35]).

По материалу ([36]) Схематическое изображение характера метилирования ДНК по всей хромосоме. Показаны повторяющиеся элементы и примеры генов с CGi-промотором. Стрелки указывают начальные участки транскрипции (стрелкой с синим цветом указано начало активной транскрипции, красным цветом показан участок с подавленной метилированием ДНК транскрипцией).

 

Epi 4 700x227По материалу ([36]) Схематическое изображение характера метилирования ДНК по всей хромосоме. Показаны повторяющиеся элементы и примеры генов с CGi-промотором. Стрелки указывают начальные участки транскрипции (стрелкой с синим цветом указано начало активной транскрипции, красным цветом показан участок с подавленной метилированием ДНК транскрипцией).

 

Не следует однако думать, что они не участвуют в функционировании клетки. Как отмечено в приведённом выше обзоре Elbarbary et al.,(30) повторы LINE и SINE могут регулировать транскрипцию генов путем изменения структуры хроматина и функционируя в качестве энхансеров и промоторов. Когда они транскрибируются в качестве части более крупного транскрипта, они могут регулировать синтез изоформ белков, воздействуя на альтернативный сплайсинг ([37]) или образование 3′-конца. Помимо этого они могут кодировать множество некодирующих РНК, а также влиять на метаболизм матричных РНК. На все эти их способности существенным образом влияет возрастное гипометилирование этой ДНК. Так, например, установлено, что гипометилирование повторяющихся элементов в лейкоцитах крови связано с риском последующих тяжёлых желудочных поражений и развития рака желудка, что может быть использовано для ранней диагностики этих заболеваний ([38]   [39]). Прогрессирующая возраст-зависимая потеря уровня метилирования затрагивает также промоторы таких генов как ITGAL и IL17RC чья транскрипционная активация вследствии деметилирования способна вызвать аутоиммунные реакции ([40]). Кроме того деметилирование ДНК утяжеляет течение таких аутоиммунных заболеваний как криопирин-ассоциированные периодические синдромы (CAPS) вследствие активации гена NLRP3 продуктом которого является криопирин – основной компонент NLRP3 инфламмасом, и как следствие этого, активации воспалительных процессов ([41])

Причиной развития онкологических заболеваний, как правило, является ингибирование генов супрессоров подавляющих опухолевый рост. Одной из причин такого ингибирования супрессоров нередко является гиперметилирование их промоторов.

Маркеры канцерогенеза связанные со старением. Красные квадратики это наличие данного, связанного с возрастом, гена маркера рака (сбоку) при конкретных типах онкологии (сверху). По статье ([42])

 

Epi 6Маркеры канцерогенеза связанные со старением. Красные квадратики это наличие данного, связанного с возрастом, гена маркера рака (снизу) при конкретных типах онкологии (справа). По статье ([42]

 

Так, например, при неопластической прогрессии различных видов рака, включая рак молочной железы, первоначальная инактивация гена-супрессора опухолей p16INK4A закрепляется эпигенетически метилированием CpGi островка на промоторе этого гена ([43]).

Интригующей особенностью транспозонов является их способность нести участки связывания транскрипционных факторов, таких как OCT4, CTCF, SOX2, NANOG, p53 и ESR1. При снижении уровня метилирования ДНК снижается и их способность связывать такие факторы.

У млекопитающих участки хроматина с частыми повторами в области, прилегающей к центромерам, обычно сильно метилирована, что, как предполагается, необходимо для предотвращения возможности аномальной гомологичной рекомбинации ([44])

Участки повторов примыкающие к теломерам имеют строение характерное для гетерохроматина т.е. богаты на гистоновые метки неактивного хроматина (H3K9me3 и H4K20me3) и достаточно высокое содержание метилированного цитозина ([45]).

Общее уменьшение метилирования ДНК, и в частности, на участках, примыкающих к теломерам, сопровождается резким удлинением теломеров ([46]), вероятно вследствие активации альтернативного пути удлинения хромосом. В некоторых случаях, однако, удается удлинить теломеры и без уменьшение метилирования ДНК или активации теломеразы (правда при этом снижатся содержание меток гетерохроматина за счет снижения активности гистон метилтрансфераз Suv39 и Suv420 ответственных соответственно за образование H3k9me3 и H4k20me3), только за счет размножения эмбриональных стволовых клеток на стадии бластоцисты in vitro ([47]     [48]). В то же время ферментные белки семейства Tet (Ten-eleven translocation), которые окисляют 5-метилцитозин до 5-гидроксиметилцитозина, промежуточного продукта в процессах деметилирования ДНК, необходимы для поддержания теломер и стабильности хромосом ([49]). В свою очередь у млекопитающих укорочение теломер до критической длины, приводит к потере метилированных гистонов и снижению метилирования ДНК ([50]).

 

Ферментативная регуляция процессов метилирования ДНК

 

После репликации двухспиральная синтезированная ДНК имеет метильные группы только на одной цепи. Чтобы скопировать паттерн метилированных цитозинов UHRF1 связывается с метилированной ДНК и метит гистон Н3 убиквитином (Ubi). Затем эту метку и белок UHRF1 распознает метилтрансфераза DNMT1 и сажает метильную группу на цитозин противоположной цепи. ([53])

Паттерн (характерное распределение, узор) метилирования ДНК возникает на ДНК под влиянием метилтрансфераз DNMT3A и DNMT3B, которые переносят метильную группу с S-аденозил-метионина на цитозин ДНК с образованием 5-метилцитозина ([51]), а затем сохраняется и поддерживается при клеточных делениях метилтрансферазой DNMT1 совместно с UHRF1 —   ДНК-связывающим белком, распознающим 5-метилцитозин. Нарушение взаимодействия DNMT1 с UHRF1 малой молекулой NSC232003 приводит к общему деметилированию цитозинов на ДНК после деления клетки ([52]).

 

Epi 6 700x219После репликации двухспиральная синтезированная ДНК имеет метильные группы только на одной цепи. Чтобы скопировать паттерн метилированных цитозинов UHRF1 связывается с метилированной ДНК и метит гистон Н3 убиквитином (Ubi). Затем эту метку и белок UHRF1 распознает метилтрансфераза DNMT1 и сажает метильную группу на цитозин противоположной цепи. ([53])

 

Важную роль в регуляции процессов метилирования ДНК по-видимому играет семейство микроРНК miR-29. При истощении miR-29a наблюдается общее понижение уровня метилирования ДНК. Следует отметить, что факторы способствующие старению и канцерогенезу, такие как c-Myc ([54]     [55]), сигнальный путь хеджехог (hedgehog) и воспалительные процессы (NF-κB сигналы) ([56]) подавляют синтез miR-29 ([57]). В то же время блокировка miR-29a приводит к повышению эффективности перепрограммирования соматических клеток в индуцированные плюрипотентные стволовые клетки iPSC ([58]), повышая пластичность клетки – её способность к трансформации (в том числе и в раковые клетки). Предполагается, что miR-29a является регулятором, который ингибирует как ДНК метилтрансферазы, так и деметилазы ([59]). Так, например, принудительное повышение синтеза miR-29 подавляя активность ДНК метилтрансфераз DNMT3A и -B восстанавливало паттерн метилирования ДНК и таким образом индуцировало реэкспрессию заингибированных метилированием генов супрессоров опухоли таких как FHIT и WWOX, что приводило к ингибированию онкогенеза как in vitro, так и  in vivo ([60]).

Важно отметить что уровень miR-29 в старых клетках намного выше чем в молодых ([61]) и что повышение активности miR-29 приводит понижению активности множества генов, способствующих росту тела, тем самым способствуя физиологическому замедлению и в конечном итоге прекращения роста тела ([62]).

 

Закономерности изменения метилирования по мере старения

 

Профиль метилирования ДНК как показали исследования различается в клетках разных тканей и является тканеспецифичным – т.е. каждая ткань имеет свой характерный для неё профиль метилирования ДНК ([63]). Более того этот профиль может изменяться одинаковым образом на протяжении жизни человека. ([64]) То есть в отличие от однонуклеотидных полимофизмов, мутаций которые наследуются в составе ДНК и поэтому одинаковые во всех клетках организма, профиль метилирования ДНК может меняться на протяжении жизни. Более того изменения метилирования носят не стохастический характер, не случайны, а по всей видимости могут быть связаны с биологическими механизмами участвующими в процессах развития и старения, а потому могут предопределять продолжительность жизни. Удивительнее всего то, что темп старения организма (по изменениям метилирования ДНК) устанавливается в самом раннем возрасте и в последующем носит неизменный стационарный характер даже в годы глубокой старости ([65]). Причём старческая слабость (характеризуемая термином Frailty) и индексом FI34 ([66]) оценивающим риск смертности, как оказалось, выраженно коррелирует со снижением уровня метилирования ДНК и вызванным им расслаблением эпигенетического контроля, следствием чего являлось снижение качества функционирования организма, и в меньшей степени с хронологическим возрастом ([67]   [68]).

Как известно, хотя и ДНК в сперматозоидах и в ооцитах имеют высокую степень метилирования, после оплодотворения первоначально в зиготе отцовская ДНК почти полностью деметилирована, причем в отсутствие репликации ДНК, затем деметилируется и материнская ДНК, и лишь после достижения стадии бластоцисты начинается постепенное метилирование ([69]) закрепляющее изменения связанные с дифференцировкой в клетках потомках зиготы ([70])   При этом из одной оплодотворенной яйцеклетки человека в течение жизни образуется порядка 37000 миллиардов (37 триллиардов) различных клеток, из которых состоят 210  гистологически различимых тканей формирующих высокоспециализированные органы нашего организма ([71]).

Уже в ДНК эмбриональных стволовых клеток человека метилирование достигает максимума — метилировано почти 80% CpG, а оставшиеся неметилированными CpG остатки обычно расположены в островках CpGi, локализованных на генных промоторах ([72]).

С разработкой высокочувствительных методов исследования метилирования, рядом авторов были опубликованы данные по изменениям метилирования в процессе старения. Так, например, были исследованы изменения метилирования путём сопоставления этого показателя у новорожденных и у столетних ([73]). Было обнаружены три ключевых различия:

Первое, метилом (паттерн метилирования ДНК генома) столетних, по сравнению с новорожденными, продемонстрировал выраженное гипометилирование затрагивающее порядка 500,000 CpG динуклеотидов, в результате которого средний уровень метилирования CpG сократился с 81% у новорожденных до 73% у столетних. Такое понижение метилирования наблюдалось для всех участков хроматина, включая промоторы, основную часть генов, а также междугенные участки;

Во-вторых, метилом столетних продемонстрировал потерю гомогенности метилирования ДНК. У новорожденных уровень метилирования соседствующих CpG динуклеотидов обычно был одинаковым, тогда как у столетних он часто различался, что могло быть связано с вызванным старением гипометилированием определённых CpG динуклеотидов;

В-третьих, детальный анализ регуляторных участков показал, что зависящее от возраста гипометилирование было особенно заметно в бедных CpG группами промоторах и в генах, которые являются тканеспецифичными по экспрессии. Гипометилирование этих участков у столетних было сопряжено с несколько повышенным уровнем генной экспрессии. Одновременно с этим было обнаружено, что метилирование CpG островков на промоторах, которые оказывают сильное влияние на экспрессию генов, с возрастом повышается. ([74]   [75] [76]) А как известно метилирование промотора может сильно снизить генетическую экспрессию на соответствующем гене, путём изменения локальной структуры хроматина и блокировки инициации транскрипции ([77]).

При изучении около 500 000 участков метилирования CpG было обнаружено более чем 2-кратное изменение уровня метилирования с момента рождения и до наступления старости примерно в 90 из 160 участков CpG, где такое изменение было достоверно связано со старением ([78])

При старении наблюдается повышение метилирования ДНК (а значит понижение активности экспрессии) гена отвечающего за экспрессию каталитической субъединицы теломеразы TERT – фермента поддерживающего длину теломер; рецептора мотилина MLNR, регулирующего желудочно-кишечные клетки; регулирующего тропонин Т мышц гена  BRUNOL6/CELF6; а также гена LINC00304, кодирующего длинную междугенную не кодирующую белки РНК, задействованную в регуляции транскрипции ([79])

Характер паттерна метилирования ДНК у опухолевых клеток часто намного старше, хронологического возраста пациента ([80]) поэтому лекарства, противодействующие старению в какой-то мере защищают и от онкологических заболеваний.

Причиной многих старческих онкологических заболеваний является способность раковых клеток к миграции и инвазии, что отчасти связано с синтезом длинной некодирующей РНК H19, которая ингибирует РНК let-7. Лекарство от старости — антидиабетический препарат метформин резко снижал способность раковых клеток к миграции и инвазии, путём понижения синтеза H19, что было связано с метилированием ДНК на её промоторе ([81]). Следует правда учитывать, что H19 помогает мелатонину противодействовать связанному со старением сокращению способности клеток к пролиферации ([82]).

 

Возрастной модуль метилирования и эпигенетические часы

 

Hernandez et al.,(2011) выявили в клетках из различных отделов мозга человека CpG локусы, метилирование которых четко коррелировало с хронологическим возрастом. Большинство таких локусов было обнаружено в пределах CpGi островков. Причем CpG сайты, где уровень метилирования ДНК коррелировал с возрастом обычно были расположены физически близко к генам ДНК связывающих факторов и регуляторов транскрипции ([83]).

Несмотря на существенные различия картин распределения участков метилирования ДНК, в самых разных тканях и клетках, можно заметить сходство в возрастных изменениях метилирования ДНК (так называемый возрастной модуль метилирования), причем даже в таких разных, как ткани головного мозга и кровь. ([84]) По мнению Horvath et al. по этой причине в крупномасштабных эпидемиологических исследованиях, по результатам исследования ДНК крови можно предполагать, что аналогичные изменения метилирование ДНК происходят и в ткани головного мозга и ряде других тканей.

Эту особенность метилирования ДНК некоторые учёные использовали для того чтобы предсказать биологический возраст человека. Bocklandt  et al.,(2011) выявили 88 участков CpG вблизи 80 генов, для которых процент метилирования в слюне достоверно коррелирует с возрастом. Уровень метилирования трех генов, линейно зависел от возраста на протяжении пяти десятилетий.

Это позволило построить модель, которая могла предсказывать возраст субъекта на основе уровня метилирования всего двух молекул цитозина в геноме ([85]).

Koch & Wagner провели идентификацию CpG участков метилирования ДНК, которые можно было бы использовать для определения возраста во многих различных тканях. Они выявили 19 CpG участков, которые непрерывно подвергаются гиперметилированию в процессе старения. Для построения графика определения возраста донора по ткани были использованы четыре из них связанные с генами NPTX2 (Neuronal pentraxin-2), TRIM58 (Tripartite motif family 58), GRIA2 (Glutamate receptor 2) и KCNQ1DN (KCNQ1 downstream neighbour), а также дополнительно гипометилирующийся CpG участок вблизи гена BIRC4BP ([86]).

Giuliani et al идентифировали регионы генома, где уровень метилирования ДНК зубов коррелирует с возрастом человека. Они предложили проводить оценку метилирования ДНК из зубов в генах ELOVL2, FHL2 и Penk ([87]).

В работе Hannum et al., ([88]) был использован разработанный ранее чип для определения метилирования ДНК на 485,577 CpG участках и при этом параллельно сразу на 12 образцах ([89]). Для построения оптимального графика был отобран 71 показатель метилирования. Точность модели при этом составила 96% , а ошибка + 3.9 года.

Horvath использовал для построения модели эпигенетических часов 353 CpG участков. Это позволило сделать модель универсальной и точной – её можно использовать независимо от ткани источника ДНК. С помощью этой модели можно сравнивать биологический возраст разных тканей человеческого тела ([90]). Так, например, использование «эпигенетических часов Хорвата» для изучения взаимосвязи между эпигенетическим возрастом и ожирением в различных человеческих тканях, позволило выявить неожиданно сильную корреляцию между высоким индексом массы тела и эпигенетическим возрастом ткани печени. Это открытие позволяет объяснить, почему у людей, страдающих ожирением рано появляются многие возрастные патологии, включая рак печени ([91]).

По статье (30 ). Люди одного и того же хронологического возраста могут иметь разные по биологическому возрасту геномы. Одни люди моложе своего паспортного возраста, другие наоборот старше.

 

Epi 7 300x284По статье (30). Люди одного и того же хронологического возраста могут иметь разные по биологическому возрасту геномы. Одни люди моложе своего паспортного возраста, другие наоборот старше.

 

Этот же метод позволил приоткрыть тайну «нестареющих детей». Выяснилось, что хотя внешне эти люди, выглядевшие детьми, несмотря на не детский хронологический возраст, по данным антропологического обследования не старели, их возраст по данным эпигенетических часов оказался не моложе их хронологического «паспортного» возраста ([92]).   Зато люди, которые доживают до почтенного возраста в 105 – 109 лет эпигенетически, как оказалось, примерно на 8 – 9 лет моложе своего паспортного возраста. Замедленным старением по сравнению со сверстниками нередко отличаются и их потомки ([93]).

 Weidner et al. ([95]) построили модели для предсказания биологического возраста по образцам крови, основанную всего на трех CpG участках, расположенных в генах ITGA2B (integrin, alpha 2b), ASPA (aspartoacylase) и  PDE4C (phosphodiesterase 4C, cAMP specific). Тем не менее, даже такая модель давала точность определения с разбросом менее 5 лет и точнее чем длина теломер.  Причём предсказание не зависело от состава форменных элементов крови – процентного соотношения в крови моноцитов, лимфоцитов, нейтрофилов, базофилов или эозинофилов. Тем не менее, в другом исследовании был разработан алгоритм, позволяющий по метилированию ДНК клеток крови быстро и довольно точно оценивать состав популяции иммунных клеток, что позволяет обходиться без проточной цитометрии и микроскопии ([96]).

Cледует отметить, что хотя все вышеприведенные модели для предсказания биологического возраста пока основаны на не вполне понятных интуитивно выбранных закономерностях, они тем не менее, позволяют предсказывать риск смерти от старческих заболеваний ([97] [98] [99]   [100]), и, в частности, вероятность заболеть раком ([101]).

 

Методы неизбирательного воздействия на процессы метилирования и деметилирования ДНК

 

Наряду с успехами в разработке методов оценки метилирования ДНК, шла разработка методов избирательного воздействия на процессы и механизмы, с помощью которых отдельные гены или последовательности ДНК подвергаются активному метилированию или деметилированию.

Разработана среда, которая вызывает глобальное гипометилирование ДНК в клетках in vitro. Эта среда, называемая 2i, содержит два низкомолекулярных ингибитора, один из которых ингибирует сигнальный путь ERK1 / 2 (PD0325901), а другой Gsk3β (CHIR99021), что воздействуя на транскрипционный регулятор PRDM14, приводит к понижению активности de novo метилтрансфераз Dnmt3a и Dnmt3b, а также их регулятора Dnmt3L([102]).  Эта среда широко используется для перепрограммирования и поддержания  плюрипотентного состояния клеток. С её помощью удается при перепрограммировании соматических клеток в ИПСК в какой-то мере очистить ДНК от метильных групп, чтобы начать de novo метилирование «с чистого листа» ([103]). Следует отметить, что при переграммировании соматических клеток в ИПСК в клетках всё же остается довольно большое число CpG участков сохраняющих паттерн донора от которого они произошли ([104]), причем он сохраняется и при дифференцировке ИПСК в соматические клетки и «сосуществует» наряду с тканеспецифичным паттерном метилирования ДНК, который приобретает клетка при дифференцировке. Вместе с тем возрастные изменения метилирования ДНК исчезают при переграммировании соматических клеток в ИПСК и не восстанавливаются при дифференцировке ИПСК в соматические клетки. Поэтому соматические клетки, полученные из ИПСК омоложены ([105]).

По ([112]). Для того чтобы подавить метилирование ДНК, 5-азацитидин должен предварительно встроиться в ДНК. Только тогда он способен подавить активность метилтрансферазы ДНК (DNMT). Поэтому на метилирование ДНК в неделящихся клетках он влияние не оказывает.

 

Epi 8 276x300По ([112]). Для того чтобы подавить метилирование ДНК, 5-азацитидин должен предварительно встроиться в ДНК. Только тогда он способен подавить активность метилтрансферазы ДНК (DNMT). Поэтому на метилирование ДНК в неделящихся клетках он влияние не оказывает.

 

Кроме того влиять на метилирование ДНК можно с помощью не-метилируемых аналогов цитозина, таких как 5-азацитидин и зебуларин (zebularine), широко используемых для ингибирования активности метилтрансферазы ДНК и уменьшения геномного метилирования ДНК ([106]), что приводит к активации синтеза двухцепочечных РНК (dsRNA) содержащих эндогенные ретровирусы (ERVs), которые в свою очередь индукцируют активацию интерферон — реагирующих генов ([107]). Ни о каком избирательном ингибировании или активации геномного метилирования ДНК с помощью таких средств речи пока не идет. Тем не менее, использование 5-азацитидина позволило ещё в 1979 году в новаторской работе Тейлора и Джонса показать, что лечение иммортализованных линий клеток эмбриональных фибробластов мыши деметилирующим ДНК агентом 5-азацитидином позволяет вызвать перепрограммирование с образованием миогенных, хондрогенных и адипогенных клонов ([108]). Причем такой подход неизбирательного деметилирования ДНК успешно используется для прямого перепрограммирования клеток и сейчас ([109]   [110]   [111]).

Недостатком деметилирующих ДНК агентов типа 5-азацитидина в недостаточно высокой активности и токсичности, а также то что он для воздействия на метилирование должен встраиваться в ДНК. Поэтому предпринимались попытки создать лекарственные препараты, действующие на метилирование не встраиваясь в ДНК. К числу найденных препаратов такого типа относятся прокаинамид и его производные вроде IM25 ([113]); RG108 (N-фталил-L-триптофан), который обладал слабой токсичностью ([114]), вызывал деметилирование и реактивацию генов-супрессоров опухолей, но при этом не влиял на метилирование субцентромерных последовательностей ([115]); а также производные L-глутаминовой кислоты ([116]). Обнаружено также, что некоторые лекарственные препараты (метадон ([117])) могут способствовать повышению уровня метилирования ДНК.

В мезенхимальных клетках стромы человеческого костного мозга RG108, вызывая деметилирование промоторов, стимулировал экспрессию таких факторов противодействующих старению как: TERT, bFGF, VEGF,и  ANG . Вместе с тем он подавлял «гены старения»: ATM,  p21 и  p53. Это предотвращение старения косвенно подтверждало снижение уровня маркера старения: окраски на ассоциированную со старением бета-галактозидазу (SA-β-gal), свидетельствовавшее об уменьшении численности постаревших клеток([118]).

Конечно, несмотря на обнадёживающие результаты, лечение старения и перепрограммирование такими неизбирательными препаратами напоминает ремонт будильника с помощью молотка и клещей. Нужны препараты более целенаправленного действия подобные тем, что используют растения для омоложения при вегетативном размножении черенками. И подобные препараты стали появляться.

 

Методы избирательного воздействия на процессы метилирования и деметилирования ДНК

 

Модель DNMT1 секвестра. Верхняя панель: DNMT1 может получить доступ к транскрипционно неактивным полуметилированным геномным участкам и прометилировать цитозин. Нижняя панель: DNMT1 не может получить доступ к транскрипционно активным полуметилированным геномным участкам, поскольку с ним связывается DiR (красным цветом) и ингибирует метилирование.

Была предложена гипотеза, о том, что определённые некодирующие РНК участвуют в поддержании паттерна метилирования связываясь с DNMT1 и ингибируя его на «вверенных» им участках. Разработана методика выделения таких РНК, названных DiR (DNMT1-interacting-RNA) и продемонстрирована их регуляторная роль в защите от неправильного метилирования ([119]).

 

Epi 9Модель DNMT1 секвестра. Верхняя панель: DNMT1 может получить доступ к транскрипционно неактивным полуметилированным геномным участкам и прометилировать цитозин. Нижняя панель: DNMT1 не может получить доступ к транскрипционно активным полуметилированным геномным участкам, поскольку с ним связывается DiR (красным цветом) и ингибирует метилирование.

 

Накопились данные о том, что в подобном механизме сайт-избирательной регуляции метилирования ДНК могут быть задействованы различные некодирующие РНК и в первую очередь длинные некодирующие РНК ([120]). Кроме того, возможно, что в избирательном de novo метилировании генных промоторов также участвуют микро РНК ([121]). Известно, что наблюдается корреляция между изменением метилирования ДНК и изменениями экспрессии генов в различных клетках, образовавшихся в ходе дифференцировки ([122]). К сожалению, со времён модели генной регуляции Бриттена-Дэвидсона предложенной ими ещё в 1969 году ([123]) по-прежнему не решена главная проблема   — почему в одинаковых эмбриональных клетках в ходе дифференцировки активируются различные группы генов. Если в зиготе все участки ДНК деметилированы, то каким образом происходит избирательное de novo метилирование? Как и какие РНК управляют этим процессом? Раскрытие этих механизмов позволит подойти к решению задач по целенаправленному перепрограммированию клеток постаревшего человека в клетки 12 летнего подростка – т.е. к кардинальному решению проблемы омоложения организма с помощью механизмов аналогичных RdDM используемого секвойей, живущей тысячелетиями.

Некоторый задел в разработке подобных технологий уже есть ([124]). Так, были предприняты попытки как избирательного деметилирования промоторов некоторых генов с целью их активации, так и избирательного метилирования с целью подавления их активности.

Янг с соавт. разработали эффективный метод избирательного целевого деметилирования конкретных CpG в клетках человека с использованием объединенного путём молекулярной инженерии избирательно связывающего ДНК домена TALE (transcription activator-like effector) и каталитического домена TET1 (Ten-eleven translocation methylcytosine dioxygenase 1) гидроксилазы катализирующего превращение 5-метилцитозина в 5-гидроксиметилцитозин ([125]). . Используя эту объединенную молекулу TALE-TET1, они показали, что деметилирование определенных CpG на участке промотора может привести к существенному увеличению экспрессии соответствующих генов человека ([126]).

Другой способ избирательно активировать гены это повлиять на характер модификации гистона H3, а именно заменить метку репрессированного хроматина H3K27me3 на метку активного хроматина H3K27ac3. Сделать это искусственно, позволил фермент с программируемой «доставкой по адресу» с помощью РНК, состоящий из лишенного (в результате двойной мутации D10A и H840A) нуклеазной активности CRISPR-Cas9 домена, называемого dCas9, соединенного с каталитическим центром ацетилтрансферазы p300. Такой фермент позволяет с большой точностью избирательно находить в нужном месте гистон H3 и заменять его метильную метку на активную ацетилированную форму, что позволяет регулировать активность конкретных генов ([127]). Более того, технология CRISPR-Cas9 позволяет с помощью подобранной библиотеки направляющих РНК  (sgRNA) проводить такую правку одновременно на десятках, выбранных для модификации генах.

Схематическое изображение системы деметилирования метилцитозинов (красные кружки) ДНК (черные нити) по наводке sgРНК (красная нить) с помощью фермента на основе dCas9 (голубой кружок и овал) соединенной через покровный РНК-связывающий белок бактериофага MS2 (зелёные нити) с каталитическим доменом TET1 (красные квадратики). По (126)

 

Epi 10 700x279Схематическое изображение системы деметилирования метилцитозинов (красные кружки) ДНК (черные нити) по наводке sgРНК (красная нить) с помощью фермента на основе dCas9 (голубой кружок и овал) соединенной через покровный РНК-связывающий белок бактериофага MS2 (зелёные нити) с каталитическим доменом TET1 (красные квадратики). По (126)

 

Аналогичную возможность избирательно находить и изменять десятки мишеней позволяет и другой искусственный фермент на основе dCas9, но уже присоединенной через покровный РНК связывающий белок бактериофага MS2, к каталитическому домену TET1 ([128]). В отличие от упомянутого выше TALE-TET1, этот фермент позволяет одновременно деметилировать CpG на участках промоторов многих генов одновременно. В цитируемой работе в качестве таких генов были выбраны гены RANKL, MAGEB2 и MMP2.  Возможно, что с его помощью удастся лечить раковые заболевания, воздействуя на некоторые механизмы их образования, такие как, например гиперметилирование CpG на островке гена ZNF154, найденное, по меньшей мере, в 15 эпителиальных типах твердых опухолей из 13 различных органов ([129]). Можно также подобрать ряд генов, которые желательно активировать на определённых этапах старения организма.

Не менее важно научиться также избирательно метилировать промоторы генов, которые желательно заингибировать. Для этого тоже созданы искусственные ферменты. Сначала на основе таких ДНК-связывающих белков, как ZFP (zinc finger proteins) и TALE (transcriptional activator-like effector), связанных с  ДНК метилтрансферазой DNMT3A ([130]       [131]), а затем, на базе dCas9 ([132]), поскольку трудно, дорого и нецелесообразно создавать фермент для каждого CpG  участка.

Фермент на основе dCas9-DNMT3A   был успешно протестирован для ингибирования гена-супрессора CDKN2A (циклин зависимой киназы 2A), который является одним из наиболее часто гиперметилированных генов при онкологии (например [133]) и играет важнейшую роль в процессах старения, поскольку кодирует ингибитор клеточного цикла р16 ([134]). Полученный на основе dCas9-DNMT3A фермент, также как и TALE-DNMT, p16 ([135]), вызывал сильную репрессию транскрипции р16 и как следствие усиление пролиферации фибробластов человека (131).

Такие ферменты можно будет использовать, например, для профилактики диабета 2 типа. Поскольку известно, что повышенное метилирование ДНК на CpG участках генов KLF14, FHL2 и GNPNAT1 связано с более низким риском развития в будущем сахарного диабета 2 типа ([136]), можно людям с низким метилированием этих генов вводить профилактический препарат, повышающий метилирование этих генов. И таких примеров масса.

В общем, перспективы открылись вполне соответствующие 21 веку.

 

Литературу смотрите в первоисточнике: rlegroup.net

Автор: Дмитрий Джагаров, специально для RLEgroup

Эксперимент по омоложению человека пересадкой костного мозга

Костный мозг

Российский ученый намерен на себе проверить методику по омоложению пересадкой костного мозга после удачного эксперимента с мышами. 

С результатами этих опытов можно ознакомиться в статье Karnaukhov et al. Informational Theory of Aging: The Life Extension Method Based on the Bone Marrow Transplantation, опубликованной в Journal of Biophysics.

 

Предлагается способ продления жизни, основанный на практическом применении информационной теории старения. По этой теории, с возрастом происходит деградация (накопление ошибок) генетической информации в клетках, что является одной из основных причин старения. По словам ученого, его метод основан на трансплантации генетически идентичных (или похожих) стволовых клеток с меньшим количеством геномных ошибок, чем у старых получателей. Для человека и крупных млекопитающих, этот метод может быть реализован путем криоконсервации их собственных стволовых клеток в молодом возрасте для последующей аутотрансплантации в пожилом возрасте. Для проверки этого метода экспериментально, ученые выбрали лабораторных животных с относительно коротким сроком жизни (мышей). Так как трудно выделить необходимое количество стволовых клеток (например, костного мозга) без значительного ущерба для животных, они использовали пересадку костного мозга от родственных молодых доноров. Было показано, что увеличение продолжительности жизни получателя зависит от его генетического сходства с донорами. Ученые добились увеличения продолжительности жизни подопытных мышей на 34% при использовании трансплантации костного мозга с высоким уровнем генетического сходства.

Доказанная эффективность предложенного метода для увеличения продолжительности жизни многоклеточных организмов (человека) в целом подтверждает основу информационной теории старения. Это позволяет разрабатывать различные методы клеточной терапии без риска фатальных последствий иммунологической несовместимости и методы продления жизни с помощью криоконсервации стволовых клеток, взятых у лиц молодого возраста для аутотрансплантации костного мозга в пожилом возрасте. Кроме того, ученые отмечают два экспериментальных факта, полученные в работе:
(1) генетически не-идентичная трансплантация костного мозга обеспечивает существенное увеличение продолжительности жизни лабораторных животных (до 34%);
(2) существует сильная зависимость увеличения продолжительности жизни от уровня генетического сходства (syngeneity) доноров и реципиентов.
Исходя из этих фактов, существует возможность очень большого увеличения продолжительности жизни (свыше 34%). Это будет обеспечиваться с помощью аутотрансплантации костного мозга или трансплантация генетически идентичных стволовых клеток (костного мозга) с низким уровнем генетических ошибок.

 

 

Проверка эксперимента на человеке

 

Омоложение костным мозгомАлексей Карнаухов 

Опыт на себе намерен провести автор эксперимента на мышах, биофизик, ведущий научный сотрудник Института биофизики клетки РАН Алексей Карнаухов. Ученый решил стать первым человеком, который опробует технологию омоложения на себе. По словам биофизика, увеличение продолжительности жизни мышей на 34% соответствует примерно 25 годам у людей.

"Я вообще воспринимаю эту возможность как огромную удачу. Дело в том, что существуют медицинские и даже юридические ограничения на возраст донора — 55 лет. Поэтому у меня осталось не так много времени", — сказал биофизик.

Ученный отмечает, что результатам, полученным в эксперименте с грызунами, можно доверять, ведь эти животные довольно близки  к человеку по физиологии. 

 

 

 

Читайте по теме: Четыре испытания лекарств от старости на людях и биомаркеры старения

 

Читайте также: Генетические тесты в России: игроки, проблемы и тенденции

 

Рекомендуем: ИНСТРУКЦИЯ БЕССМЕРТИЯ

 

 

Частичное перепрограммирование восстанавливает молодую экспрессию генов за счет временного подавления идентичности клеток

 Авторы: Antoine Roux, Chunlian Zhang, Jonathan Paw, José Zavala-Solorio, Twaritha Vijay, Ganesh Kolumam, Cynthia Kenyon, Jacob C. Kimmel     Аннотация   Сообщалось, что временная индукция...

Читать далее

Профилирование эпигенетического возраста в отдельных клетках

 Авторы: Александр Трапп, Чаба Керепеси, Вадим Николаевич Гладышев     Аннотация   Метилирование ДНК определенного набора динуклеотидов CpG стало критическим и точным биомаркером процесса старения. Многовариантные модели машинного обучения, известные как...

Читать далее

Эпигенетические часы показывают омоложение во время эмбриогенеза, с последующим старением

      Краткое содержание   Представление о том, что клетки зародышевой линии не стареют, возникло еще  с 19-го века от идей Августа Вейсманна. Однако...

Читать далее

Мультиомиксное омоложение клеток человека путем кратковременного перепрограммирования в фазе созревания

      Краткое содержание   Старение - это постепенное снижение физической формы организма, которое со временем приводит к дисфункции тканей и заболеваниям. На клеточном...

Читать далее

Универсальный возраст по метилированию ДНК в тканях млекопитающих (препринт)

Новые результаты       Старение часто воспринимается как дегенеративный процесс, вызванный случайным накоплением клеточных повреждений с течением времени. Несмотря на это, возраст можно...

Читать далее

Ограниченное омоложение старых гемопоэтических стволовых клеток в молодой нише костного мозга

      Гемопоэтические стволовые клетки (HSC) с возрастом обнаруживают функциональные изменения, такие как снижение регенеративной способности и миелоидно-зависимая дифференцировка. Ниша HSC, которая...

Читать далее

Разведение плазмы улучшает когнитивные функции и снижает нейровоспаление у старых мышей

      Наше недавнее исследование установило, что факторы молодой крови не являются причиной и не являются необходимостью для системного омоложения тканей млекопитающих...

Читать далее

Пора кончать со старой кровью - Джош Миттельдорф

      2020 год обещает нам, что мы сможем сделать наши тела молодыми без явного восстановления молекулярных повреждений, но лишь просто изменив...

Читать далее

Омоложение тканей трех зародышевых листков путем замены плазмы старой крови солевым раствором альбумина

     Аннотация   Гетерохронный обмен крови омолаживает старые ткани, и большинство исследований о том, как это работает, фокусируется на молодой плазме, ее фракциях...

Читать далее

Обращение возраста: измерение эпигенетического возраста двух разных видов с помощью одних часов

   Аннотация   Известно, что молодая плазма крови оказывает благотворное влияние на различные органы у мышей. Однако не было известно, омолаживает ли молодая...

Читать далее

Прорыв в омоложении

  Если вы избегаете громких заявлений и в течении длительного времени соблюдаете дисциплину недосказывания посреди яркого неонового мира, то возможно вы...

Читать далее

Трансплантация ACE2-мезенхимальных стволовых клеток улучшает результат лечения у пациентов с пневмонией, вызванной COVID-19

Озвучить текст роботом: 

    Краткое содержание   Коронавирус (HCoV-19) вызвал новую вспышку коронавирусной болезни (COVID-19) в Ухане, Китай. Профилактика и реверсия...

Читать далее

Диагностика старения на основе 9 признаков «Hallmarks of Aging»

  “Если вы не можете измерить это, вы не можете улучшить его”, — так сказал Уильям Томсон, великий ирландский физик известный...

Читать далее

Паттерны биомаркеров старения, смертности и вредных мутаций проливают свет на начинающееся старение и причины ранней смертности - Гладышев 2019

Основные моменты Смертность от возрастных заболеваний U-образная с надиром ниже репродуктивного возраста Количественные биомаркеры старения постоянно меняются на протяжении всей жизни Бремя мутаций...

Читать далее

Клеточное старение. Определение пути вперед

Клеточное старение - это состояние клетки, вовлеченное в различные физиологические процессы и широкий спектр возрастных заболеваний. В последнее время быстро растет...

Читать далее

Видео: Суть старения и путь к долголетию - Гладышев В.Н.

Лекторий МГУ: Вадим Николаевич Гладышев, 28 мая 2019 г. 17.00Тема лектория: «Суть старения и путь к долголетию». Профессор Факультета биоинженерии и...

Читать далее

Японцы получили разрешение скрестить эмбрион человека и животного

Ученые давно проводят эксперименты по выведению различных гибридных видов животных. Как правило, это относится к лабораторным животным, опыты над которыми...

Читать далее

Мыши смогли восстановить ампутированные пальцы при помощи двух белков

  Возможно, в будущем люди смогут восстанавливать потерянные конечности — на это, во всяком случае, намекают медицинские эксперименты. Ученым уже известно...

Читать далее

Израильские учёные разработали универсальное лечение против рака

    Небольшая группа израильских учёных считает, что они нашли первое универсальное лечение против рака.  «Мы считаем, что через год мы предложим универсальное...

Читать далее

Клинические испытания первой омолаживающей терапии

    Самое первое человеческое испытание сенолитических лекарств, было объявлено ещё в июне, и большая часть мира практически не обратила внимания на него...

Читать далее

Старение внеклеточного матрикса

    Данная статья собрана из нескольких моих ранних заметок о влиянии внеклеточного матрикса на процесс старения. Текст статьи будет обновляться — я планирую...

Читать далее

Обзор достижений в борьбе со старением в 2018 году

   Каким был 2018 год в борьбе со старением? Год начался с хорошей новости. Под давлением общественности, ученых, организаций и сторонников борьбы со...

Читать далее

Таблетка от старости и кровь младенцев: достижения науки о старении в 2018 году

    2018-й принес обнадеживающие результаты в борьбе со старением и стал годом взрывного роста бизнеса на бессмертии. Начались испытания сенолитика — препарата, убивающего стареющие клетки, ключевого...

Читать далее

Китайский ученый заявил о рождении первых в мире генетически модифицированных детей

  Китайский ученый Цзянькуй Хэ заявил о рождении первых в мире детей из генетически отредактированных эмбрионов. По словам ученого, родились близняшки, у которых он попытался создать устойчивость к заражению...

Читать далее

Новая веха в медицине: Создан первый в мире сканер для всего тела

    Исследователи и ученые из Калифорнийского университета в Дейвисе со своими китайскими коллегами из компании United Imaging Healthcare (UIH) создали аппарат...

Читать далее

Первая искусственная роговица, напечатанная на 3D-принтере, уже готова для трансплантации

    Роговица — это крайне важная, но очень хрупкая часть нашего органа зрения. Она очень легко подвержена травмам и различным заболеваниям...

Читать далее

Ученые создают лазерный кожный регенератор из «Стартрека»

     Технологии из научно-фантастической вселенной «Стартрек» продолжают проникать в нашу реальную жизнь. Мы уже читали о медицинском трикодере, слышали о разработках...

Читать далее

Ученые создали универсальные имплантаты, которые не будут отторгаться организмом

  Любые материалы (в том числе и биологические), которые не созданы нашим организмом, в любом случае являются чужеродными и будут отторгаться...

Читать далее

«Получи я миллиард долларов сегодня, мы победили бы старение на 10 лет раньше. Это 400 миллионов жизней»

      Обри де Грей: большое интервью   В Москву на конференцию «Future in the City», которая пройдет 18 и 19 июля в башне «Империя» в Москва-Сити...

Читать далее

Генетик из Гарварда создал стартап по омоложению собак

В дальнейшем ученый намерен распространить исследования на людей.     Генетик, молекулярный инженер и химик Джордж Черч из Гарварда основал стартап Rejuvenate Bio...

Читать далее

Как наука приближает бессмертие к реальности?

    Поиски Понсе де Леоном фонтана вечной молодости могут быть легендой, но основная идея — поиск лекарства от старости — вполне реальна. Люди...

Читать далее

Секрет вечной жизни точно скрывается в наших клетках

    Однажды могущественный шумерский король по имени Гильгамеш отправился на происки, как это часто делают персонажи мифов и легенд. Гильгамеш стал...

Читать далее

Геронтологи готовы к прорыву

Остановись, старенье!   Ведущие ученые из 17 стран приехали в Россию, чтобы решить проблему старения. Именно теперь, по их мнению, накоплен критический...

Читать далее

Моя улучшенная версия: как жить вечно

      Джордж Чёрч [George Church] возвышается над большинством людей. У него длинная серая борода волшебника Средиземья, а работа всей его жизни...

Читать далее

Клеточная терапия без клеток: омоложение внеклеточными везикулами

  Восстановление сердечной мышцы после месяца терапии внеклеточными везикулами. Иммунные метки: агглютинин (красный), тропонин (зеленый) и DAPI (голубой)   Исследователи Колумбийского университета, работающие...

Читать далее

Биологи впервые собрали мышиный «эмбрион» прямо из стволовых клеток

  Бластоциста состоит из внешнего слоя клеток, из которого развивается плацента, и внутреннего – будущего детёныша. Здесь и ниже иллюстрации Nicolas...

Читать далее

Способ борьбы со старением: обращение вспять процесса снижения концентрации НАД+

    Старение сопровождается развитием метаболических нарушений и дряхлением. Недавние исследования продемонстрировали, что снижение уровня никотинамидадениндинуклеотида (НАД+) – ключевой фактор замедления обменных процессов, связанного...

Читать далее

Лекарства от старения, и Где они обитают

Время напрямую людей не убивает, старение – это биологический процесс. Есть группа заболеваний, которые называют возраст-ассоциированными, или старческими. Основным фактором риска...

Читать далее

Создан микроскоп, позволяющий наблюдать за движением клеток внутри организма

Ученые из Медицинского института Говарда Хьюза усовершенствовали метод флюоресцентной микроскопии таким образом, что теперь с ее помощью можно снимать в...

Читать далее

Ученые имплантировали маленький человеческий мозг мыши

Имплантация органов и тканей – вещь в науке далеко не новая. Не первый день существуют и так называемые кортикальные наборы...

Читать далее

В человеческих клетках впервые обнаружена новая форма ДНК

Ученые из австралийского Института медицинских исследований Гарвана сообщили об открытии в клетках человеческого организма необычных структур ДНК – i-мотивов (intercalated-motif...

Читать далее

Нанонож лишнего не отрежет: хирурги тестируют точечную терапию рака

Самое распространенное среди мужчин онкологическое заболевание, рак простаты, которым страдает примерно четверть пациентов урологических стационаров, до недавнего времени лечили хирургически — удаляли...

Читать далее

В США впервые в мире провели комплексную пересадку пениса и мошонки

Врачам из больницы Джона Хопкинса (штат Мэриленд) удалось провести успешную комплексную трансплантацию пениса и мошонки. Операция длилась 14 часов, в...

Читать далее

Антиоксидант MitoQ омолаживает сосуды

Результаты, полученные исследователями университета Колорадо в Боулдере, работающими под руководством профессора Дага Силса (Doug Seals), еще раз подтвердили, что применение...

Читать далее

Эпидемия молодости: как прожить 120 лет и стать счастливым

    Около 5% нынешних молодых и богатых проживут 120 лет и дольше, считают биохакеры. Читайте, что для этого нужно делать. Осенью 2017...

Читать далее

Имплантация пигментного слоя сетчатки помогла сохранить зрение

    Борьба с заболеваниями, которые в той или иной степени угрожают жизни человека – одно из самых приоритетных направлений современной медицины...

Читать далее

В США протестировали мозговой имплантат для улучшения памяти

    Американские исследователи провели проверку имплантата-электростимулятора, призванного усилить память. В среднем способность к запоминанию слов удалось улучшить на 15%. Если технология пройдет...

Читать далее

Ученым впервые удалось воссоздать легочную ткань

    Лечение стволовыми клетками находит все большее применение в медицинской практике. Так, например, группа китайских ученых из Университета Тунцзи не так...

Читать далее

Ученые МИЭТа планируют начать серийное производство аппарата вспомогательного кровообращения для детей уже в этом году

    В 2012 году благодаря ученым нашего университета была осуществлена первая в России успешная операция по имплантации «искусственного сердца» человеку. К...

Читать далее

Первый шаг к тканеинженерным надпочечникам

    Исследователи лондонского университета королевы Марии, работающие под руководством доктора Леонардо Гуасти (Leonardo Guasti), использовали репрограммированные клетки для создания первого прототипа...

Читать далее
Image

Оцифровка пользователя, Моделирование, 3D-визуализация.

Создание подробной цифровой копии на основе данных из медкарты.

Анализ данных. Исправление показателей организма.

Image

Взаимодействие цифровых профилей с целью улучшения показателей.

Обмен знаниями, проведение общих исследований.

Загрузка личного аватара в 3D мир. Игрификация, соревнования.

Image

В разработке

  • Официальная страница о медицинских чат-ботах на сайте Сверхчеловечество.рф
  • Подробности разработки чат-бота для проекта "Карта управления возрастом" (для партнеров и разработчиков) здесь:
Image

Обзор мировых разработок по хранению данных в разработке

Хранилище данных для Электронной Медицинской Карты Управления Возрастом в разработке

Материалы по теме:

Image

Основное взаимодействие планируется производить посредством Социальной сети:

Также существует множество специализированных телемедицинских сервисов:

Image

Данный раздел находится в разработке и будет доступен после запуска Электронной медицинской Карты Управления Возрастом:

Image

Основной материал сайта по теме искусственного интеллекта в медицине здесь:

На основе данной статьи будет определяться разработчик искусственного интеллекта для данной системы управления возрастом.

Image

ВАШ ЛИЧНЫЙ ВКЛАД В БОРЬБУ СО СТАРЕНИЕМ

Скооперируйтесь с тысячами других участников и создайте любой проект в области антистарения, проведите научные исспедования

Площадка для создания и финансирования проектов. Официальная страница сайта Сверхчеловечество.рф для сбора средств на ускорение прогресса в области омоложения:

Image
Image

Основная страница сайта Сверхчеловечество.рф о создании и участии в клинических испытаниях терапий антистарения и отката возраста организма здесь: